Computational Biology II Webseiten der AG Algorithmen und Komplexität von Prof. Dr. Markus Nebel, Fachbereich Informatik der TU Kaiserslautern. Auf unseren Seiten möchten wir Sie über unsere Forschung in den Bereichen Algorithmik (Average-Case Analyse, analytische Kombinatorik) und theoretische Bioinformatik informieren sowie Studierenden einen Einblick in unser Lehrangebot bieten und Ankündigungen zu laufenden Lehrveranstaltungen zur Verfügung stellen. http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/bioinf2/2-uncategorised 2017-10-12T16:37:16+02:00 Joomla! - Open Source Content Management Papiere der AG 2013-04-12T11:38:54+02:00 2013-04-12T11:38:54+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/forschung/veroeffentlichungen/papiere-der-arbeitsgruppe Super User nebel@cs.uni-kl.de <h2>Papiere der AG</h2> <p>Auf dieser Seite werden die Veröffentlichungen der Arbeitsgruppe zum Download angeboten.</p> <p> </p> <p>&lt;?php include'/var/www/joomla/includes/remos_papers.php';?&gt;</p> <h2>Papiere der AG</h2> <p>Auf dieser Seite werden die Veröffentlichungen der Arbeitsgruppe zum Download angeboten.</p> <p> </p> <p>&lt;?php include'/var/www/joomla/includes/remos_papers.php';?&gt;</p> eaa_beweistechniken 2012-10-18T08:48:53+02:00 2012-10-18T08:48:53+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/bioinf2/2-uncategorised/61-eaa-beweistechniken Sebastian Wild wild@cs.uni-kl.de <h1>Beweistechniken (WS 12/13)</h1> <p>Die Veranstaltung <em>Beweistechniken</em> ist ein Bestandteil des Moduls <em>Entwurf und Analyse von Algorithmen für Angewandte Informatiker</em>, die dazu beitragen soll, die Vorkenntnisse verschiedener Hörergruppen im Bereich der Mathematik, insbesondere dem Beweisen, anzugleichen.</p> <p>Beweistechniken wird dieses Semester von <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/index.php?option=com_content&amp;view=article&amp;id=32&amp;catid=2&amp;Itemid=165">Sebastian Wild</a> betreut.</p> <h2>Aktuelles</h2> <ul> <li>Der Abgabezeitraum für Blatt 6 wird bis Montag, 3.12, 12:00 Uhr verlängert.</li> <li>Errata Blatt 5: In Aufgabe 18 soll überall m statt p stehen.</li> </ul> <h2>Termine</h2> <p>Beweistechniken findet stets <strong>Freitags 08:15 Uhr in Raum 42/110</strong> statt.</p> <p>Die ersten beiden Termine (19. und 26. Oktober) bestehen aus einer Vorlesung. Ab dann (erstmals am 2. November) wird Dominique Ufer in einer Saalübung die Abgaben zu den Übungsblättern besprechen.</p> <h2>Übungsblätter</h2> <p>{quickcat:12}</p> <p>Aus den Abgaben müssen auf <em>jedem</em> Blatt 50% der Pflichtpunkte erreicht werden. Bewertet wird die sinnvolle Bearbeitung der Aufgaben. Durch freiwillige Aufgaben können Sie zusätzliche Punkte bekommen.</p> <h1>Beweistechniken (WS 12/13)</h1> <p>Die Veranstaltung <em>Beweistechniken</em> ist ein Bestandteil des Moduls <em>Entwurf und Analyse von Algorithmen für Angewandte Informatiker</em>, die dazu beitragen soll, die Vorkenntnisse verschiedener Hörergruppen im Bereich der Mathematik, insbesondere dem Beweisen, anzugleichen.</p> <p>Beweistechniken wird dieses Semester von <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/index.php?option=com_content&amp;view=article&amp;id=32&amp;catid=2&amp;Itemid=165">Sebastian Wild</a> betreut.</p> <h2>Aktuelles</h2> <ul> <li>Der Abgabezeitraum für Blatt 6 wird bis Montag, 3.12, 12:00 Uhr verlängert.</li> <li>Errata Blatt 5: In Aufgabe 18 soll überall m statt p stehen.</li> </ul> <h2>Termine</h2> <p>Beweistechniken findet stets <strong>Freitags 08:15 Uhr in Raum 42/110</strong> statt.</p> <p>Die ersten beiden Termine (19. und 26. Oktober) bestehen aus einer Vorlesung. Ab dann (erstmals am 2. November) wird Dominique Ufer in einer Saalübung die Abgaben zu den Übungsblättern besprechen.</p> <h2>Übungsblätter</h2> <p>{quickcat:12}</p> <p>Aus den Abgaben müssen auf <em>jedem</em> Blatt 50% der Pflichtpunkte erreicht werden. Bewertet wird die sinnvolle Bearbeitung der Aufgaben. Durch freiwillige Aufgaben können Sie zusätzliche Punkte bekommen.</p> Adb II_Übungen 2012-10-02T13:49:07+02:00 2012-10-02T13:49:07+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/bioinf2/2-uncategorised/56-adb-ii-uebungen Super User nebel@cs.uni-kl.de <p>Die Übungen zur Vorlesung finden alle zwei Wochen jeweils am Donnerstag ab 13:45 Uhr im Raum 48-654 statt. Erster Übungstermin ist der 1. November.</p> <h2>Übungsblätter</h2> <p>{quickcat:8}</p> <p>Die Übungen zur Vorlesung finden alle zwei Wochen jeweils am Donnerstag ab 13:45 Uhr im Raum 48-654 statt. Erster Übungstermin ist der 1. November.</p> <h2>Übungsblätter</h2> <p>{quickcat:8}</p> AdB II_Aktuelles 2012-10-02T13:47:53+02:00 2012-10-02T13:47:53+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/bioinf2/2-uncategorised/55-adb-ii-aktuelles Super User nebel@cs.uni-kl.de <ul> <li>Die Übung vom 10.01.13 wird um eine Woche auf Do, 17.01.13 verschoben. Die Abgabefrist für Blatt 6 wird bis Mo, 14.01. verlängert.</li> <li>Aufgrund des Feiertags wird die erste Übung vom 1.11. auf Di 30.10 15:30 Uhr vorverlegt.<br />Wer  da keine Zeit hat, möge einfach bei <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/index.php?option=com_content&amp;view=article&amp;id=32&amp;catid=2&amp;Itemid=165">Sebastian</a> vorbeikommen.</li> <li>Die erste Übung findet Donnerstag, 1. November, 13:45 Uhr in 48-654 statt.</li> <li>Das erste Übungsblatt ist online:<br />{quickdown:55}</li> </ul> <ul> <li>Die Übung vom 10.01.13 wird um eine Woche auf Do, 17.01.13 verschoben. Die Abgabefrist für Blatt 6 wird bis Mo, 14.01. verlängert.</li> <li>Aufgrund des Feiertags wird die erste Übung vom 1.11. auf Di 30.10 15:30 Uhr vorverlegt.<br />Wer  da keine Zeit hat, möge einfach bei <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/index.php?option=com_content&amp;view=article&amp;id=32&amp;catid=2&amp;Itemid=165">Sebastian</a> vorbeikommen.</li> <li>Die erste Übung findet Donnerstag, 1. November, 13:45 Uhr in 48-654 statt.</li> <li>Das erste Übungsblatt ist online:<br />{quickdown:55}</li> </ul> AdB II_Termine 2012-10-02T13:47:18+02:00 2012-10-02T13:47:18+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/bioinf2/2-uncategorised/54-adb-ii-termine Super User nebel@cs.uni-kl.de <p>Im Wintersemester 2012/13 findet die Vorlesung wöchentlich von 10:00 bis 11:30 im Raum 48-654 statt.</p> <p>Im Wintersemester 2012/13 findet die Vorlesung wöchentlich von 10:00 bis 11:30 im Raum 48-654 statt.</p> MaLiJAn 2012-09-28T07:54:14+02:00 2012-09-28T07:54:14+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/forschung/malijan Super User nebel@cs.uni-kl.de <h1>MaLiJAn</h1> <h2>Maximum Likelihood Java Bytecode Analyzer</h2> <p>MaLiJAn is a tool implementation of <em>Maximum Likelihood Analysis</em> introduced in <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/#Refs"><em>Maximum Likelihood Analysis of Algorithms and Data Structures</em></a>. It allows automatic average case analyses of Java Bytecode programs with arbitrary input distributions. The generated results may be in terms of abstract cost measures like number of comparisons in sorting algorithms (provided by the user through code annotations), or the exact number of executed bytecode instructions.</p> <p>To try MaLiJAn out, simply download the client application below, extract the tar archive to some folder and run <tt>java -jar malijan-client.jar</tt>. For parts of the computations, MaLiJAn uses a Mathematica server backend hosted on our servers, so you will need internet access.</p> <p>The example project shows an analysis of a classic Quicksort implementation in the random permutation model. There, MaLiJAn reproduces the expected numbers of swaps and comparisons known from the literature. It also determines the expected number of executed bytecode instructions to be roughly 18 n ln(n).</p> <h2>Contact</h2> <p>If you encounter any problems or you have suggestions relating to MaLiJAn please feel free to write an email to <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/index.php?option=com_content&amp;view=article&amp;id=32&amp;catid=2&amp;Itemid=165">Sebastian Wild</a>.</p> <h2>Downloads</h2> <p>{quickcat:6}</p> <h2>References<a name="Refs"></a></h2> <p>{quickdown:15}</p> <p>{quickdown:78}</p> <p>{quickdown:177}</p> <p> </p> <h1>MaLiJAn</h1> <h2>Maximum Likelihood Java Bytecode Analyzer</h2> <p>MaLiJAn is a tool implementation of <em>Maximum Likelihood Analysis</em> introduced in <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/#Refs"><em>Maximum Likelihood Analysis of Algorithms and Data Structures</em></a>. It allows automatic average case analyses of Java Bytecode programs with arbitrary input distributions. The generated results may be in terms of abstract cost measures like number of comparisons in sorting algorithms (provided by the user through code annotations), or the exact number of executed bytecode instructions.</p> <p>To try MaLiJAn out, simply download the client application below, extract the tar archive to some folder and run <tt>java -jar malijan-client.jar</tt>. For parts of the computations, MaLiJAn uses a Mathematica server backend hosted on our servers, so you will need internet access.</p> <p>The example project shows an analysis of a classic Quicksort implementation in the random permutation model. There, MaLiJAn reproduces the expected numbers of swaps and comparisons known from the literature. It also determines the expected number of executed bytecode instructions to be roughly 18 n ln(n).</p> <h2>Contact</h2> <p>If you encounter any problems or you have suggestions relating to MaLiJAn please feel free to write an email to <a href="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/index.php?option=com_content&amp;view=article&amp;id=32&amp;catid=2&amp;Itemid=165">Sebastian Wild</a>.</p> <h2>Downloads</h2> <p>{quickcat:6}</p> <h2>References<a name="Refs"></a></h2> <p>{quickdown:15}</p> <p>{quickdown:78}</p> <p>{quickdown:177}</p> <p> </p> Login 2012-08-31T10:31:17+02:00 2012-08-31T10:31:17+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/bioinf2/2-uncategorised/48-login Super User nebel@cs.uni-kl.de <h1>Benutzer-Anmeldung</h1> <h1>Benutzer-Anmeldung</h1> Mathe-Tools 2012-08-28T14:56:36+02:00 2012-08-28T14:56:36+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/mathe-tools Super User nebel@cs.uni-kl.de <p><iframe name="content" src="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/webMathematica3/Production/EAA/EAA.jsp" frameborder="0" scrolling="no" width="100%" height="1500pt"></iframe></p> <p><iframe name="content" src="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/webMathematica3/Production/EAA/EAA.jsp" frameborder="0" scrolling="no" width="100%" height="1500pt"></iframe></p> Shortest Superstring 2012-08-28T14:49:19+02:00 2012-08-28T14:49:19+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/applets/shortest-superstring Super User nebel@cs.uni-kl.de <p><iframe name="content" src="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/webMathematica3/Production/AdB/Greedy.jsp" frameborder="0" scrolling="no" width="100%" height="1000pt"></iframe></p> <p><iframe name="content" src="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/webMathematica3/Production/AdB/Greedy.jsp" frameborder="0" scrolling="no" width="100%" height="1000pt"></iframe></p> Paarweise Alignments 2012-08-28T14:18:25+02:00 2012-08-28T14:18:25+02:00 http://wwwagak.cs.uni-kl.de/home/lehre/applets/paarweise-alignments Super User nebel@cs.uni-kl.de <p><iframe name="content" src="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/webMathematica3/Production/AdB/alignment_v2.jsp" frameborder="0" scrolling="no" width="100%" height="1000pt"></iframe></p> <p><iframe name="content" src="http://wwwagak.cs.uni-kl.de/webMathematica3/Production/AdB/alignment_v2.jsp" frameborder="0" scrolling="no" width="100%" height="1000pt"></iframe></p>